Platform sekuensing robotik generasi berikutnya dapat secara akurat melindungi ribuan orang untuk COVID-19

Sebuah platform robotika yang dirancang oleh para peneliti Toronto untuk melacak ribuan orang COVID-19 sampel sekaligus berpotensi merevolusi cara laboratorium melacak penyebaran virus dan patogen lain, menurut penemuan baru.

Studi yang dipublikasikan hari ini (3 Maret 2021) di Komunikasi Alammenemukan bahwa platform pengurutan kinerja ultra-tinggi generasi berikutnya, yang disebut C19-SPAR-Seq, dirancang oleh para peneliti di Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute (LTRI) di Sinai Health, memiliki tingkat sensitivitas lebih dari 95% dalam kasus positif selama puncak .

“Identifikasi sampel positif yang cepat dan akurat sangat penting untuk mengatasi pandemi ini,” kata Dr. Jeff Urana, peneliti senior di LTRI dan profesor di Departemen Genetika Molekuler di Universitas Toronto. “Dengan varian baru dan berpotensi berbahaya yang sekarang beredar, ini adalah platform yang dapat diskalakan, otomatis, dan mampu menganalisis ribuan sampel pasien COVID-19 dalam satu siklus instrumen.”

Wrana dan sesama Peneliti Senior LTRI Dr. Laurence Pelletier, bekerja sama dengan Profesor Universitas Toronto Dr. Ben Blancou, memuji tim magang yang bersemangat yang pindah dari bidang penelitian lain untuk membantu mengembangkan dan memvalidasi platform, yang memungkinkan tim untuk berpindah dari konsep ke buku terbitan dalam waktu kurang dari 12 bulan.

Javier Hernandez LTRI

Javier Hernandez digambarkan di Laboratorium Wrana di Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute di Toronto, Kanada, dalam foto file yang tidak bertanggal ini. Kredit: Kesehatan Sinai

“Kolaborasi Laboratorium Diagnostik Klinis di Rumah Sakit Mount Sinai adalah unsur utama lainnya untuk kesuksesan kami,” kata Pelletier. “Sampai saat ini, laboratorium mikrobiologi bersama, yang dikepalai oleh Dr. Tony Matsuli, telah menyediakan akses ke ribuan sampel.”

Pada akhir 2020, tim berputar lagi untuk menggunakan platform robotika untuk menyaring ribuan sampel positif untuk varian, dengan cepat mengurutkan daerah sidik jari dari genom virus untuk mencari mutasi kunci.

“Sangat menyenangkan bisa bekerja dengan Dr. Jeff Urana dan timnya di LTRI,” kata Dr. Matsuli, kepala ahli mikrobiologi di Jaringan Kesehatan Universitas dan Kesehatan Sinai (UHN). “Sistem SPAR-Seq barunya adalah teknologi mutakhir, dan kemampuan timnya untuk secara konsisten menguji COVID-19 secara real time memiliki potensi besar untuk memengaruhi pemahaman kita tentang epidemiologi dan penyebaran mutan baru di provinsi tersebut.”

Platform ini juga hemat biaya. Studi tersebut mencatat bahwa biayanya sekitar $ 8 USD per pengujian ketika ribuan sampel dilepaskan sekaligus, karena biaya sampel menurun karena skala ekonomi.

“Ini sangat andal dan mudah beradaptasi,” kata Javier Hernandez, peneliti junior di Laboratorium Wrana yang memimpin penelitian dengan Dr. Marie-Ming Ainaud dan Seda Barutku. “Pembalikannya kira-kira 24 jam. Ini sangat sederhana, karena kami telah mengotomatiskan hampir setiap langkah proses. Sangat menyenangkan bagi saya untuk melihat bagaimana pekerjaan saya berubah. “

Referensi: 3 Maret 2021, Komunikasi Alam.
DOI: 10.1038 / s41467-021-21653-y

Studi ini didukung oleh COVID-19 Action Initiative Fund di Toronto (TCAI) oleh University of Toronto dan didonasikan oleh Krembil Foundation.

Related articles

Comments

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here

Share article

Latest articles

Skrining sinar-X mengidentifikasi obat yang menjanjikan untuk pengobatan COVID-19

Sebuah tim peneliti, termasuk ilmuwan MPSD, telah mengidentifikasi beberapa kandidat untuk melawan obat tersebut SARS-CoV-2 coronavirus menggunakan sumber cahaya sinar-X PETRA III di German...

Teori konspirasi memengaruhi perilaku kita – bahkan jika kita tidak mempercayainya!

Paling tidak karena COVID-19 pandemi, teori konspirasi lebih relevan dari sebelumnya. Mereka diberitakan dan didiskusikan di hampir semua media dan komunikasi. Tapi...

Eksplorasi pertama arus laut di bawah “Doomsday Glacier” memicu kekhawatiran

Untuk pertama kalinya, para peneliti dapat memperoleh data di bawah Gletser Thwaites, yang juga dikenal sebagai "Gletser Hari Kiamat". Mereka menemukan bahwa pasokan...

“Doodle Ringan” Nyata dalam Waktu Nyata

Para peneliti di Tokyo Metropolitan University telah merancang dan menerapkan algoritme yang disederhanakan untuk mengubah garis yang digambar secara bebas menjadi hologram pada CPU...

Teleskop Webb NASA menyertakan tabir surya seukuran lapangan tenis untuk perjalanan jutaan kilometer

Kedua wajah tabir surya James Webb Space Telescope dinaikkan secara vertikal untuk mempersiapkan pelipatan lapisan tabir surya. Kredit: NASA / Chris Gunn Insinyur bekerja...

Newsletter

Subscribe to stay updated.